Paton wurde in Kirkmahoe, Schottland am 25.05.1824 geboren. Nachdem er als Lehrer und Stadtmissionar in Glasgow (1847-1856) gedient und Theologie und Medizin an der Universität Glasgow studiert hatte, wurde er von der Reformierten Presbyterianischen Kirche Schottlands als Missionar ausgesandt und begann 1858 seine Arbeit auf der Insel Tanna in den neuen Hebriden (heute Vanatu) unter Kannibalen. Von Anfang an war er Krankheiten und Gefahren ausgesetzt; sowohl seine Frau als auch sein kleiner Sohn starben dort innerhalb eines Jahres.
Paton wurde von seinem isolierten Posten von den Ureinwohnern vertrieben und wurde auf der Missionskonferenz von 1862 nach Australien ausgesandt, um Gelder für die gefährdete Arbeit zu sammeln. In den verbleibenden Jahren widmete er sich der Bekanntmachung dieser Missionsarbeit durch Vortragsreisen und Missionsberichte. Bald erkannte er, dass die größte Unterstützung für die Mission aus Australien kommen könnte und wurde daher 1866 Pfarrer und Missionar der Presbyterianischen Kirche von Victoria, stationiert auf der Insel Aniwa auf den Neuen Hebriden, verbrachte aber auch einige Zeit auf Vortragsreisen in Australien, Amerika und Großbritannien. 1864 heiratete er seine zweite Frau Margaret Whitecross.
Er starb am 28.01.1907 in Canterbury, Victoria, Australien.
